Ο Άγιος Ιωάννης Χρυσόστομος εκοιμήθη από εξάντληση στις 14 Σεπτεμβρίου του 407 μ.Χ. κατά τη διάρκεια της τρίτης του εξορίας από την αυτοκράτειρα Ευδοξία και τάφηκε στα Κόμανα του Πόντου. Το σεπτό λείψανό του περίμενε επί τριάντα έτη, θαμμένο στον τόπο της εξορίας και του μαρτυρίου του.
Όταν όμως το 434 μ.Χ. πατριάρχης εξελέγη ο μαθητής του Άγιος Πρόκλος, παρεκάλεσε τον αυτοκράτορα Θεοδόσιο να ενεργήσει τα δέοντα, ώστε το λείψανο του μεγάλου αυτού πατέρα της Εκκλησίας να επιστρέψει στην Κωνσταντινούπολη. Και πράγματι, τέσσερα χρόνια αργότερα, στις 27 Ιανουαρίου του 438 μ.Χ. έγινε η Ανακομιδή των Ιεωρών Λειψάνων του Αγίου.
Η μεταφορά των ιερών λειψάνων από τα Κόμανα συνοδεύτηκε από μια επιστολή - διαταγή του αυτοκράτορα Θεοδοσίου Β’, υιού του Αρκαδίου και της Ευδοξίας, η οποία έγραφε:
«Ἐπιστολὴ τοῦ βασιλέως Θεοδοσίου.
Εἰς τὸν οἰκουμενικὸν Πατριάρχην καὶ Διδάσκαλον καὶ πνευματικὸν Πατέρα Ἰωάννην τὸν Χρυσόστομον, τὴν προσκύνησιν προσφέρω ἐγὼ ὁ βασιλεὺς Θεοδόσιος. Ἡμεῖς, Πάτερ τίμιε, νομίζοντες, πῶς εἶναι τὸ σῶμά σου νεκρόν, καθὼς εἶναι καὶ τὰ ἄλλα σώματα τῶν ἀποθανόντων, ἠθελήσαμεν να μεταφέρωμεν αὐτὸ ἁπλῶς εἰς ἡμᾶς.
Διὰ τοῦτο καὶ τοῦ ποθουμένου δικαίως ὑστερήθημεν. Ἀλλὰ σύ, Πάτερ τιμιώτατε, συγχώρησον εἰς ἡμᾶς, ὀποῦ μετανοοῦμεν. Σὺ γὰρ ἐδίδαξες εἰς ὅλους τὴν μετάνοιαν. Καὶ δὸς τὸν ἑαυτόν σου, ὣς πατὴρ φιλοπαῖς, εἰς ἡμᾶς τοὺς φιλοπάτορας υἱούς σου, καὶ τοὺς σὲ ποθούντας εὔφρανον διὰ τῆς παρουσίας σου».
Αυτή την επιστολή του αυτοκράτορα την πήγαν στον Άγιο και την τοποθέτησαν πάνω στην λάρνακά του. Τότε ο Άγιος έδωσε τον εαυτό του στους απεσταλμένους του αυτοκράτορα και έτσι αυτοί μετέφεραν την λάρνακα που περιείχε το άγιο λείψανο στην Κωνσταντινούπολη, χωρίς να κοπιάσουν καθόλου.
Η υποδοχή των ιερών λειψάνων του Αγίου υπήρξε παλλαϊκή. Σύσσωμος λαός, κλήρος και μοναχοί, με επικεφαλής τον αυτοκράτορα, τους αυλικούς, τη σύγκλητο και όλους τους άρχοντες, υποδέχθηκαν και προσκύνησαν με σεβασμό τα λείψανά του.
Με πολύ ευλάβεια μετέφεραν αρχικά τη λάρνακα στο ναό του Αποστόλου Θωμά, στα Αμαντίου, έπειτα δε στο ναό της Αγίας Ειρήνης. Εκεί έβαλαν το άγιο λείψανο πάνω στο σύνθρονο και άπαντες εβόησαν: «Ἀπόλαβε τὸν θρόνον σου, Ἅγιε».
Στη συνέχεια η λάρνακα τοποθετήθηκε σε αυτοκρατορική άμαξα και μεταφέρθηκε στο περιώνυμο ναό των Αγίων Αποστόλων. Εκεί έβαλαν το άγιο λείψανο πάνω στην ιερή καθέδρα και έγινε το θαύμα: ο Άγιος επεφώνησε προς τον λαό το «Εἰρήνη πάσι». Έπειτα το εναπέθεσαν μέσα στο Άγιο Βήμα, κάτω από την Αγία Τράπεζα.
Η Σύναξη του Αγίου Ιωάννου του Χρυσοστόμου ετελείτο στο πάνσεπτο ναό των Αγίων Αποστόλων. Ιερά λείψανα του Αγίου Ιωάννου του Χρυσοστόμου αφιέρωσε διά χρυσοβούλλου στη Μονή Μεγίστης Λαύρας του Αγίου Όρους ο αυτοκράτορας Ιωάννης Τσιμισκής (969 - 976 μ.Χ.) και τεμάχιο της αριστεράς χειρός ο Ανδρόνικος ο Παλαιολόγος (1282 - 1328 μ.Χ.), διά χρυσοβούλλου, τον Ιούλιο του έτους 1284 μ.Χ., στη Μονή Φιλοθέου του Αγίου Όρους. Επίσης, τμήματα του ιερού λειψάνου φυλάσσονται στις μονές Βατοπαιδίου, Ιβήρων, Αγίου Διονυσίου και Δοχειαρίου.
Ιερά Λείψανα:
Η Κάρα με αδιάφθορο το αριστερό αυτί βρίσκεται στη Μονή Βατοπεδίου Αγίου Όρους.
Η δεξιά του Αγίου βρίσκεται αδιάφθορη στη Μονή Φιλοθέου Αγίου Όρους.
Δύο τμήματα της αριστεράς του Αγίου βρίσκονται στη Μονή Μεγ. Λαύρας Αγίου Όρους και ένα τμήμα της στη Μονή Βαρλαάμ Μετεώρων.
Μεγάλο τεμάχιο κνήμης και τέσσερα τεμάχια του Αγίου βρίσκονται στη Μονή Παντοκράτορος Αγίου Όρους.
Δάκτυλος του Αγίου βρίσκεται στη Μονή Δοχειαρίου Αγίου Όρους.
Αδιάφθορο μέρος του Αγίου βρίσκεται στη Μονή Μεγ. Μετεώρου.
Αποτμήματα του Ιερού Λειψάνου του Αγίου βρίσκονται στις Μονές Ιβήρων Αγίου Όρους, Προυσού Ευρυτανίας και Κύκκου Κύπρου και στη Λαύρα Αγίου Αλεξάνδρου Νέβσκι Αγίας Πετρουπόλεως.
Απολυτίκιο:
Ήχος πλ. δ’.
Η του στόματός σου καθάπερ πυρσός εκλάμψασα χάρις, την οικουμένην εφώτισεν, αφιλαργυρίας τω κόσμω θησαυρούς εναπέθετο, το ύψος ημίν της ταπεινοφροσύνης υπέδειξεν. Αλλά σοίς λόγοις παιδεύων, Πάτερ, Ιωάννη Χρυσόστομε, πρέσβευε τω Λόγω Χριστώ τω Θεώ, σωθήναι τας ψυχάς ημών.
